Pulau terpencil itu gagal membunuh Peter. Berbekal mutasi misterius sebagai Subject 13, ia dan Maia berhasil melarikan diri dari fasilitas rahasia. Namun, kebebasan yang mereka harapkan hanyalah ilusi. 13 Corporation, dalang di balik semua penderitaan umat manusia, memburu mereka tanpa henti. Di tengah rentetan pertarungan brutal dan kepingan rahasia dari sebuah bangkai pesawat masa lalu, Peter harus mencari tahu satu kebenaran mutlak: Mengapa dirinya yang dipilih? Perburuan baru saja dimulai, dan kali ini, Peter yang akan memburu mereka.