Gempa megathrust berkekuatan sembilan skala richter menghantam ibukota yang membuat kota tersebut terpisan dari kepulauan utama, sepuluh tahun setelah kejadian tersebut satu kelompok yang menamakan diri mereka Pedang Dewa menguasai kota tersebut.
Satu kelompok besar yang beranggotakan narapidana, kriminal, musuh masyarakat, buronan dan para anggota gangster yang dulu nya di buru oleh petugas keamanan sebagai penjahat dan kriminal kini menguasai daerah tersebut.
pemerintah yang tengah kekurangan anggota keamanan merekrut warga sipil dan dilatih untuk mengambil alih daerah daerah yang di duduki oleg kelompok pedang dewa. namun sayang seluruh upaya mereka gagal.
seluruh anggota keamanan binaan pemerintah tewas terbunuh dalam tragedi satu malam, hampir seluruh anggota keamanan yang baru saja di bentuk musnah dalam satu malam ketika melakukan p*********n ke Batavia.
dua tahun kemudian pesawat angkutan yang membawa keluarga dan staff ke presidenan jatuh dan mendarat di tengah Batavia square, seluruh penumpang disandera, Malajenda sang pemimpin Kelompok pedang dewa meminta tebusan berupa sejumlah uang dan hasil riset bio nuklir yang tsngah dikembangkan.
seorang veteran perang dan narapidana nusa kambangan di bebaskan untuk melakukan sebuah misi penyelamatan, dalam misi ini snake harus kembali bekerjasama dengan seseorang yang pernah mengkhianati nya,
seorang kolonel yang pernah menjadi atasan nya menjadi kepala dalam misi kali ini, dapatkah snake menyelesaikan misi tersebut dan keluar dalam keadaan hidup dari Batavia?